تتألف منظمة الشراكة الأفريقية للملكية الفكرية، التي أنشئت بموجب اتفاقية بانغي، من ثلاث هيئات رئيسية تضمن حسن سير عملها وحوكمتها:
مجلس الإدارة
لجنة الاستئناف العليا
الإدارة العامة
يضمن هذا الهيكل الثلاثي التوازن المؤسسي والحوكمة الرشيدة لمنظمة الملكية الفكرية الأفريقية في تحقيق مهمتها المتمثلة في حماية وتعزيز الملكية الفكرية في الدول الأعضاء فيها.